针对不断变化的忠诚，不安的联盟和敌对古代的背景下，共和国和分离主义之间的冲突斜升，从而为达斯西迪厄斯的最终背叛反对绝地行为在这些不确定的时代，一些该部队的光明与黑暗两面的最深的奥秘被揭示为一个勇敢的克隆人士兵揭露了一个令人震惊的阴谋天行者阿纳金的关系最密切的是测试它的极限，尤达大师，使这一发现可能会永远改变银河系的力量…

本剧剧情发生在《星球大战2：克隆人的进攻》与《星球大战3：西斯的复仇》之间，讲述了历时三年的克隆人战争期间的一些事件银河共和国的大共和军在尤达大师、梅斯·温杜、欧比旺·肯诺比、安纳金·天行者和其他绝地武士的带领下，对抗独立星系邦联的战斗机器人部队