故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。

距今六千五百万年前的远古时代，大大小小的恐龙正在当时翠绿潮湿的地球上漫步突然间，一声巨大的轰鸣划破长空，伴之以一道耀眼异常的光线，随之形成了一个通往另一空间的裂缝。并出 现了一艘巨大的，结构复杂的跨时空飞船，飞船放射出强烈的光线将四只小恐龙吸入了实验室中。他们是剑背龙、霸天龙、飞天龙和三角龙。在亚格尔的高科技手段 囚禁下…