该剧场版是由原作者镰池和马担当故事原案和构成的完全新作，讲述在学园都市制作的宇宙升降机恩底弥翁完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有奇迹的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇，然而阿丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开