人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河虽然星野铁郎（野沢雅子配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号在一众战友的帮助下，铁郎穿过一道道火线…