在工厂工作的有川润，因为某间无人居住的洋房有着神秘气息而前往调查。与此同时，在研究虚构生物的研究生神野铭，前往管理局调查接收到的神秘讯号。两人在完全不同的场所，完全不同的原因所展开的调查，却听到了同样的歌声，歌声将两人关联，牵扯进难以想像的事件中，最终两人可以携手共同推翻人类本无法避免的未来灾难吗？

故事的舞台是互联网系统发达的都市「DENCITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「linkVRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「linkVRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电…