西暦2205年、時の政府は過去へ干渉し歴史改変を目論む「歴史修正主義者」に対抗すべく、物に眠る想いや心を目覚めさせ力を引き出す能力を持つ「審神者（さにわ）」と刀剣より生み出された付喪神「刀剣男士（とうけんだんし）」を各時代へと送り込み、戦いを繰り広げるそして「刀剣男士」、「歴史修正主義者」の双方を良しとしない第三の勢力「検…