犯罪学学生克洛伊假死闯入停尸房，以找回一份证据，证明她弟弟与一起犯罪有关。一旦进入，她很快就知道，可怕的验尸官利用停尸房作为病态和扭曲业务的掩护。随着一场可怕的猫捉老鼠游戏的进行，伊莎贝尔会发现停尸房最可怕的不是死人，而是活人。

虎水银太是一个运动不行，成绩很差，大近视的中学二年级学生正因为他的完全不中用才使得他经常受到别人的欺负。多年来，银太一直在重复做着一个相同的梦，梦中的世界有会说话的鸟，会使用魔法的精灵以及看不清面容的魔王。直到某天，银太照常踏入教室大门时，发现有一扇连接着移世界的大门被打开了，他在惊讶中...

九十九科学是年仅十三岁便具备丰富知识的天才科学家他靠着各种物理法则、科学理论以及夸张的想像力，企图不靠石化燃料登陆月球为了实现目标，九十九科学和助手兼美少女型技术实验卫星机器人菊八号一起进行各种实验

故事发生在一个平凡的小镇这里是“魔法少女们的世界”。这些魔法少女都来自一个叫做利鲁姆的世界，在这个世界背后隐藏着只有她们能够看到的“wonderland”。平时以普通的家庭主妇身份出现的嬉子实际上是守护wonderland的魔女。她隐藏了身份，与普通的人类羽保结了婚。

此次的主人公依然是爱莉卡和真白，故事紧接TV，尽管成为了MEISTER OTOME，但是学分不够的艾莉卡不得不每天在加尔德罗贝学园接受补习课程。另一方面，真白也渐渐掌握了作为女王必须要做的事情，然而日复一日的平静生活没能维持多久，一颗陨石正在渐渐的逼近中……在这前所未有的危机面前各国通力合作，MEISTER OTOME也加入到了迎击陨石的作战行列…

遺跡に眠っていた旧時代の惑星殲滅用兵器が目覚めようとしていた……。ニナは黒い谷のマシロたちに合流するも、何も出来ない自分にひとり悩んでいた。一方アリカはマシロを探しに向かう。ナツキたちは惑星殲滅兵器対策にヴィントに戻る。遂に各国の惑星殲滅兵器が復活してしまい、各国オトメたちが応戦するも、善戦むなしく惑星エアルの最大の危…

マシロを護る事が出来なかったことを後悔しているアリカは、外出禁止とされ、行方不明のマシロを探しに行けず、もやもやしていた……。一方、ニナとナオはアルタイのベルーハ山に来ていた。前時代の遺跡に手がかりを求めて……。ところが遺跡の中は無数のトラップが仕掛けられていた。果たして二人は無事、遺跡の中枢へたどりつけるのか?!　その…

マイスターオトメになったというのに単位の足りないアリカ・ユメミヤは、今日もガルデローベで補習授業を受けていた。そんな平和な日々のなか突然、惑星エアルに巨大隕石が迫る。この未曾有の危機を前に、初めて各国が協力し、マイスターオトメによる隕石迎撃作戦が行われる！しかし、それは新たな物語の序章であり、惑星エアル史上最大の危機の…

ヴィントを襲った大事件の後、アリカは黒い谷と共に消えてしまったマシロを探し旅を続けていた。そして、エアリーズへの道中でさっそく起こったのが、アリカの乗ったバスのバスジャック事件！　卑劣なテロリストに立ち向かうために登場したのは我らがヒーロー（!?）のハルカ・アーミテージ准将だった！　今回の主役はハルカ准将、バスジャック犯…