本作故事略带悬疑色彩，舞台设立在了特别的地方——美浜学园，主人公风见雄二转校来到这里，而这个学园中只有5名少女：喜欢独处的大小姐，温柔而且喜欢照顾别人的少女，金发双马尾的傲娇女，天真活泼的妹系角色，认真且喜好穿女仆装的班长。与这5名性格各异的少女相遇，雄二的命运会发生什么变化呢，而总共只有6个人的美浜学园究竟隐藏着怎样的…

由于童年的悲惨遭遇，直枝理树的个性变得十分孤僻长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃，正直开朗稳重可靠的枣恭介，四肢发达头脑简单的井之原真人，成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“LittleBusters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重…

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为LittleBusters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女…

广野紘（下野紘配音）梦想着有朝一日能够成为出色的少女漫画家，因为，身为高中生的他一边完成着学业，一边朝着自己的梦想不断迈进。一次偶然中，广野紘遇见了名为宫村宫子（田口宏子配音）的女孩，这个女孩是广野紘学校里新来的转校生。宫村宫子似乎对广野紘十分有好感，对他纠缠不休，广野紘的青梅竹马新藤景（冈田纯子配音）将这一幕幕看在眼…

圣诞节，雨宫优子与火村夕两人在教会里重逢两人怀缅过去，由雨宫优子开始说过去发生过的种种事情。广野纮是个高中生兼少女漫画家，每一天度过忙碌的生活。在圣诞节的夜晚，遇到追逐小偷的宫村宫子。两人再次在学校见面后，宫村宫子对广野纮开始产生兴趣，而开始纠缠在广野纮身边。身为青梅竹马的新藤景看到这种场景而感到焦虑。几个月后的夏天。…

库特与直枝理树成为恋人，顺利结束修学旅行的另一个“Littlejijikb.comBusters！”的世界。男生宿舍在翻修工程中发生漏水事故，导致宿舍无法继续使用。对于走投无路的理树，库特以“室友还在募集中…”为由伸出援手。就这样开始了和库特一起度过的暑假，这给他们带来了各种各样的新任务。理树和库特最后得到的东西是......？

故事发生在名为美滨学园的私立寄宿制学校之中，高耸的墙壁和森严的制度让这所仅有五名学员的学校成为了与世隔绝的桃花源，某日，一位名为风见雄二（樱井孝宏配音）的男生转学来到了这里，打破了此处维系多时的平衡，与此同时，雄二亦是学园中唯一的男性。冷漠寡言的千金大小姐榊由美子（田中凉子配音），大大咧咧毫无防备的周防天音（田口宏子配…