高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道…

工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五…

阳光明媚的一天，柯南、小兰以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次和远山和叶。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一…

在不久之前，市内发生了连环杀人事件，遇害人每一个都是音乐家，而且他们均出身于著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰、少年侦探团等一行人，收到了一位著名钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。该音乐会最大的亮点是巴赫弹奏过的管风琴、世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感…

阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场精彩的足球比赛，江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边，侦探事务所内的名侦探毛利小五郎却接到一通恐怖袭击的电话。这不是游戏或虚张声势，像是在挑衅毛利小五郎一般，路上的汽车在眼前爆炸。阻止犯人犯案的方法只有一个，那就是解读犯人留下的神秘暗号！经…

高中三年级的相原琴子，自两年前在入学仪式上对全校所仰慕的天才入江直树一见钟情后，一直对他念念不忘。虽然琴子知道一无是处的自己与头脑聪明，体育万能的美男子直树并不相配，但还是下决心给直树递情书。结果直树却说“不要”，被无情地拒绝了。那天晚上，琴子家新建的房子在地震中被损坏。琴子被父亲重雄寄养在学生时代好友家里。那里就是直…

本次的全新作品是纪念TV版动画播放20周年特别篇。剧中，听从黑衣组织命令研发出Apoptoxin4869的灰原哀等人将重新登场，而尚未和柯南相遇的少年侦探团、阿笠博士以及柯南尚未寄居到小兰家时的毛利小五郎也将会悉数亮相。

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时代是江户末期，明治初期因为新政府西洋近代化方针的实施，日本发生了巨大的变化舞台是举办「万国大博览会」的明治新京都大街上随处可见梳着传统发誓的和披散头发，穿着和服和西服的日本人和外国人佩带「许可证」的妖怪们也在到处奔走。在妖怪人别帐上登陆并得到「许可证」的妖怪，可以和人类一起生活。其中，有个专门逮捕没有「许可证」的妖怪…

11月20日（周日），东都体育场灰原等少年侦探团和江户川柯南兴致勃勃地观看足球比赛与此同时，毛利侦探事务所的电话突然响起，是大规模爆炸的预告电话！这并不是游戏，也绝非虚张声势就像对小五郎的挑衅一样，道路上的汽车就在他眼前发生了爆炸！要阻止接下来的爆炸只有一个办法，就是解开犯人留下的谜样的暗号！