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2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”
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2010年，曾经的小学生们已经步入大学，八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者（松冈茉优配音）却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失。
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故事发生在风景秀丽的冈山县，绘里飘（菲鲁兹·蓝配音）是生活在这里的一名普通女性，然而，她还有着另一重身份——狂热偶像宅。绘里飘所支持的，是偶像团体“ChamJam”里名为市井舞菜（立花日菜配音）的成员，绘里飘是只应援舞菜一人的唯粉，她将自己所有的收入都贡献给了舞菜，工作之余的所有时间经历也都投注到了舞菜的身上。偶像团体里雷打…
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时为20XX年——因冤罪而被收监在刑务所的阳菜。在那里等着她的是，美貌的看守·明神亚贵所带来的冷酷且甜美的支配……。“不要以为能从黑翼刑务所……能从本大爷的手里逃走喔？”身体检查中、牢狱中、甚至在与恋人的会面中都……，心灵和身体都被肆意玩弄的阳菜会迎来怎样的命运——！？
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人类在火星上发现了史前文明以及超科学的能源，这些被称为「ALDNOAH」某天，来自火星的「骑士」从天而降。这些钢铁巨人有着明确的来意——歼灭地球上的所有人类。移居至火星的人类与地球上的人类，两个阵营间的战争就此展开。被卷入战争的少年少女们将何去何从……
