有着复杂家庭环境的男主角夏目智春在三年前空难意外幸存后，开始被自称守护灵的青梅竹马水无神操绪依凭，在高中开学前搬进了其兄长夏目直贵曾居住过的闹鬼房屋鸣樱邸，同日，穿着黑色服装的美女黑崎朱里受其兄长之托将银色手提箱交给了夏目智春，并唤醒了名为机巧魔神的谜之兵器以得到此手提箱为契机，智春得知了世界隐藏的真实——神舍弃了人类…

升上高中之后就开始独自生活的主人公夏目智春他在3年前被自称为守护灵的美少女水无神操绪附身智春搬到了兄长夏目直贵曾经生活过的住宅“鸣樱宅”的那天，那里来了两个美女当中一个黑衣美女名为黒崎朱理，来樱宅邸的原因是受直贵所托送上银色的手提箱，而另一个巫女装束的美女名为嵩月奏，她是为抢夺手提箱而来的。以得到此手提箱为契…