这是金田一最后一部电影，也是迎接2000年的贺岁片在这一部电影里，场面宏大，添加了武戏，使电影版达到了顶峰！剧情一直处于紧张状态！静静沉眠于蔚蓝大海之中的海底遗迹，而打算打搅它沉眠之人的命运又如何？冲绳的孤岛，蓝泽集团开发的超高级度假村宾馆——deepblue我们（阿一、美雪）在那里与那家伙再次相遇了，可就在此时，在东京郊外发生了…

受到歌剧院老板黑泽和马的邀请，金田一、美雪和剑持警部再次造访歌岛金田一不知为何有种不祥的预感，他的预感果然实现了和怪人幽灵寄来的预告书一样，在密室状态下的剧场里饰演卡尔罗达的女演员遭到残杀，从此揭开了连续杀人的序幕！

主角是名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪 警察朋友剑持勇警部 对手明智健悟警视等伙伴，运用高超的推理能力，解决遭遇到的各种困难案件

桃园爱一行人将要去横滨的摩天轮那里玩，目的当然是要去宣传自己的知名度，在大赛中出场获得冠军。不过却在途中迷路了。正在惊慌寻找会场的时候，突然遇见新敌人，新敌人的目的是要毁灭难得一见的彩虹奇迹，并要吞噬掉整个摩天轮和表演会场！在敌人面前，所有的光之美少女陆续登场变身，也让全部的光之美少女都对其他光之美少女的出现而感到惊讶…

元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱…