新的学年开始，忍术学园的忍蛋们陆续回校，可是一年叶组的喜三太却因未完成作业迟迟不出现原来上学期末全学园的暑假作业都搞错了，喜三太得到的是六年级的作业，其任务是偷出大间贺时城主的兜裆布为了找回喜三太，园长命令雾丸、新兵卫以及其他年级几名未完成作业的忍蛋前往营救喜三太另一方面，大间贺时正与邻近的黄昏城激战，乱太郎等叶组的小…

11月20日（周日），东都体育场灰原等少年侦探团和江户川柯南兴致勃勃地观看足球比赛与此同时，毛利侦探事务所的电话突然响起，是大规模爆炸的预告电话！这并不是游戏，也绝非虚张声势就像对小五郎的挑衅一样，道路上的汽车就在他眼前发生了爆炸！要阻止接下来的爆炸只有一个办法，就是解开犯人留下的谜样的暗号！

柯南被阿笠博士拜托帮助小美苗恢复自信心，以及小美苗和明的青梅竹马，和小健以及棒球队的其他学员的齐心协力，虽然其中小健言语上对美苗冷嘲热讽，但心里仍然关心她剧中毛利小五郎再次成为沉睡的小五郎，破解了有关棒球的一宗自导自演的诈骗保险金案件

6件大范围的连续杀人事件发生在东京周边的数个地区警方除了目暮警部之外，还派了各县的警员增援，小五郎也参加了搜查会议此时柯南却因为一个偶然的契机，发现一个警察从会议中离席，并乘上了一辆跑车离去那辆车……居然，是琴酒！！黑衣人组织中的一员居然潜入了搜查会议，琴酒肯定是想乘坐跑车逃走。连续杀人事件莫非是黑衣人组织做下的罪恶勾…

在日卖电视台发生了爆炸案！此时，引领日本百人一首界的皋月会正举办记者会，人群陷入大恐慌！在崩塌中的大楼内，只有关西名侦探——服部平次和他的青梅竹马——远山和叶被困，千钧一发之际柯南将他们平安救出案件如恐怖袭击一般，然而犯人的目的无人知晓这一无法理解的状况令柯南和平次不禁感到蹊跷爆炸骚动中，柯南与坚称是平次未婚妻的女子相…

一场大规模的恐怖袭击，一个牵扯无数内幕的神秘组织，这个关乎整个东京的可怕计划即将拉开帷幕…首脑云集的东京峰会举办在即，会场突然发生超大规模的爆炸事件，不仅在现场发现行踪诡异的安室透，毛利小五郎更是惨遭陷害面对最危险任务，最烧脑的推理，最艰难的博弈，柯南能否在迷雾中寻找到唯一的真相。

在距离东京南部一千公里的小宅岛上,一家豪华酒店将迎来开业一周年的庆典,届时会场将展出名贵的钻石阿缇密斯之泪.理所当然,这颗钻石吸引了怪盗基德的注意,他再次发出盗窃预告.虽然中森警部作了周密部署,却依然防不胜防,阿缇密斯之泪最终失窃.与此同时,柯南,小兰等人也受铃木园子之邀参加了酒店的周年庆典.中森警部的出现引起柯南警觉,他继而发现…

在人类不知也无法到达的地方存在着一个妖怪世界在朋友的保护和照顾下，鬼太郎在那个神秘的妖怪世界里开心快乐、自由自在的生活着突然有一天，鬼太郎接到了妖怪信使带来的一封信，向他求助的是一个叫做三浦健太的小学生健太和高中生姐姐实花和他们的父亲晴彦生活在一起。他们居住的小区为了修建主题公园，正在拆毁稻荷神社，而从动工的那天开始，…

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边…

涉谷有利，一个花样年龄的高中生，在回家路上挺身而出帮助被欺负的同学，结果同学落跑，他自己被带去厕欺负，就在被坏人把头塞到马桶里之时，有利居然从抽水马桶穿越到了充满中欧世纪风格的异世界。 随即冒出了一个个帅哥并发生一连串骚动，有利的正常生活算彻底完了。然后有利居然被告知他是新一代魔王！一连串青春、爆笑、带一点耽美倾向的故…