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西汉时期，八岁的汉昭帝刘弗陵隐瞒身份游览到万里荒漠，走投无路之际，一个骑着天山雪驼的绿衫女孩云歌凭空降临，将其带出荒漠。冷漠似冰的刘弗陵最终被精灵可爱的云歌打动，互赠礼物并相约十年后在长安相会。十年后，云歌带着儿时的诺言来到长安寻找刘弗陵，未想却将刘病已误认为是儿时的陵哥哥，以为他不仅不记得儿时的大漠诺言，而且身边还多…
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在行星布拉姆附近突然出现了一个神秘的人造天体，它吸收了所有的宇宙机器人并制造出了最强的超级机器人军ccc。为了阻止它，赛罗奥特曼与镜子骑士、红莲火焰和詹伯特联手对敌。 -
由爱媛到东京的完治，在机场被同事莉香迎接，二人工作时，莉香开始爱上了完治，但完治心中所爱的是由高中时代一直暗恋着的里美，但里美所爱的却又是三上。最终莉香终于把完治的心敲开了，正当完治与莉香二人生活过得甜蜜，三上及里美之间竟又插入三上的同学尚子。里美伤心欲绝之时，在身边慰勉的人只有完治，里美此时才发现自己原来爱的是完治……
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从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其bbb。同时，其他宇宙的人们也正暗中开始行动，ZAPSPACY的船员们被卷入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了。
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ZAPSPACY收到了求救信号，雷等人迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空bbb。在扭曲空间的一颗惑星上，雷他们遇见了其他次元的自己，并且出现了一头机械哥莫拉。原来在这个星球上，莎乐美星人正在进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。雷召唤哥莫拉迎战机械哥莫拉不敌，正当危急之际，赛罗奥特曼出现营救。而为了计划的继续进行，莎乐美…
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故事发生在在与伯利亚银河帝国的战斗结束一年后，塞罗奥特曼在本作中与红莲火焰、镜子骑士、詹伯特阻止天体的运转，并结识了新的伙伴詹奈，他们一起踏上了新的战斗旅eee。