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故事以大都市纽特市为舞台,在那里正在兴建为保护神奇宝贝而设立的设施神奇宝贝山庄,即将在近期完工。但是因失去了过去的故乡,而将所见的一切都视作敌人攻击的盖诺赛克特也出现在这里!只见他朝着在现场的小智和皮卡丘发射破坏技术,千钧一发之际,出现在小智等人面前保护他们的,竟然是传说中的神奇宝贝‧超梦!超梦认为盖诺赛克特和他一样,…
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在橘子群岛一带旅行的小智等人,某日在乘船时意外被暴风雨吹至当中的一个岛屿-亚西亚岛,当地适逢庆典,他们结识少女芙芦拉等居民,并得知流传岛上的古老传说。 就在同时,贪婪的收藏家吉尔露太,为了满足自己的收藏欲望,捕捉了传说中神圣不可侵犯的的火焰鸟与闪电鸟,甚至想进一步捕捉急冻鸟,以引出传说中的海之神-洛奇亚,致使传说成真,各…
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在这个布满运河及迷宫的美丽水都,小智、比卡超以及一班好朋友遇到拥有不可思议力量的宠物小精灵拉帝欧斯和拉帝亚斯,这对感情非常要好的兄妹一直默默地守护著水都的秘宝「心之结晶」。 但是,一对怪盗姊妹看上这件秘宝并开始进行抢夺行动。就在怪盗姊妹抓了拉帝欧斯,启动「心之结晶」的封印时,海水开始淹没水都…… 小智和比卡超他们怎样解决…
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持续旅行的小智皮卡丘一行,来到了流传着“波导传说”的城镇:欧鲁德朗城。 在城市的中心,举行着对数百年前的“波导之勇者——亚郎”而举行的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后,获得了冠军的小智当选为当年“波导的勇者”。城中举办了庆祝优胜者的盛大宴会。突然幻之神奇宝贝“梦幻”出现。然而梦幻却带着皮卡丘消失了…