“精灵宝可梦”（台译“神奇宝贝”）是生活在这个星球上的不可思议的生物立志成为精灵宝可梦大师的小智和皮卡丘一起踏上了冒险的旅途在全新的冒险舞台——“合众地区”（台译“合众地方”），小智和皮卡丘邂逅了新的伙伴艾莉丝、天桐他们为了追寻各自的梦想，与各种各样的精灵宝可梦一起，即将展开一场令人期待的冒险旅程。

主人公苍月潮,因为偶然拿到兽矛,被激发潜力变成兽人,解封了一只被兽予钉封了五百年的妖怪虎,从此走上降妖之路.

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。几经…

在橘子群岛一带旅行的小智等人，某日在乘船时意外被暴风雨吹至当中的一个岛屿-亚西亚岛，当地适逢庆典，他们结识少女芙芦拉等居民，并得知流传岛上的古老传说。 就在同时，贪婪的收藏家吉尔露太，为了满足自己的收藏欲望，捕捉了传说中神圣不可侵犯的的火焰鸟与闪电鸟，甚至想进一步捕捉急冻鸟，以引出传说中的海之神-洛奇亚，致使传说成真，各…

小智一行来到了全新的阿罗拉大陆，迎接小智的是全新的冒险与挑战！究竟这里的精灵和别的地方有什么不一样呢？造成这样的原因又是什么呢？

小智和皮卡丘等人的冒险仍在继续，传说中的宝可梦隐藏的秘密阻挡在他们前的阿兰和神秘的组织的目的到底是什么？最大的危机到来！

在这个布满运河及迷宫的美丽水都，小智、比卡超以及一班好朋友遇到拥有不可思议力量的宠物小精灵拉帝欧斯和拉帝亚斯，这对感情非常要好的兄妹一直默默地守护著水都的秘宝「心之结晶」。 但是，一对怪盗姊妹看上这件秘宝并开始进行抢夺行动。就在怪盗姊妹抓了拉帝欧斯，启动「心之结晶」的封印时，海水开始淹没水都…… 小智和比卡超他们怎样解决…

持续旅行的小智皮卡丘一行，来到了流传着“波导传说”的城镇：欧鲁德朗城。 在城市的中心，举行着对数百年前的“波导之勇者——亚郎”而举行的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为当年“波导的勇者”。城中举办了庆祝优胜者的盛大宴会。突然幻之神奇宝贝“梦幻”出现。然而梦幻却带着皮卡丘消失了…

小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成…

一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宠物小精灵的机器，并把发掘到的世界最强宠物小精灵——梦幻的睫毛，复制成了拥有比梦幻更强能力的——超梦但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走，将岛屿上的研究所夷为平地。这时候，火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己…