讲述怀抱着伟大梦想的忍者少女千鸟，在战国时代发生的有趣故事。

强势回归!忍者龟又回来啦，他们这次有全新的超威能力!跟着拉斐尔、李奥、多纳、米开使用全新武器、打击突变种，揭开藏在纽约市底下的秘密城市，卡哇棒嘎!

和平的同时也在飞速近代化的木叶村。高楼耸立、巨大荧屏中播放着影像、链接区域与区域之间的电车在村中驰骋。虽说是忍者之村普通人也开始增加、忍者们的生活方式也发生改变的那个时代……村子的头目，七代目火影漩涡鸣人的儿子博人，进入了培育忍者的忍者学校学习。周围的同学们都带着“火影之子”的偏见来看待他、博人则用他史无前例的天赋踢飞…

经历漫长的战争之后以七代目火影漩涡鸣人治理的木叶村为中心，成立了新的忍者5大国，本作主要讲述鸣人的儿子、虽然有才能却把鸣人叫做臭老爸的漩涡博人；佐助的女儿、对鸣人抱持憧憬的宇智波佐良娜；以及充满了谜团的超级优秀忍者巳月三人一组，在村子里努力修炼成长的故事

距离鸣人跟随自来也离开村子外出修行已经过去了两年半。时光流逝，修行归来的鸣人与已经成长了的伙伴们再次重逢，并继续朝着“成为火影”的目标而努力着。与此同时，曾经计划捕获九尾妖狐的忍者组织“晓”，也在长时间的沉默后终于开始行动，将目标指向了拥有“尾兽”的忍者村。鸣人与“晓”，双方之间的冲突一触即发。

在Cho的家人被忍者杀害后，他决定带着儿子Kane到美国展开新生活。在朋友布莱登的建议下，他出售所有的古董，从忍者身份退休。没料到，布莱登却是专门把海洛因藏在古董里走私的忍者。Cho体认到即使美国这样的“梦想国度”，也藏着不少人面兽心的怪物，但要终结这种恶行，只有靠忍者的方法才会成功。

誰にも気づかれず、人知れず覇権争いをする関東と関西。その陰でうごめくのは忍者たち。関西の忍者の末裔は、いつも関東に嫌がらせをし続けている。そんな中、東京の女子高にやってきた４人の転校生。彼女たちの真の姿は、東京を守るために送り込まれた忍者の末裔・JKニンジャガールズだった！

日本战国时代随着德川家一统天下而落下帷幕。在战国乱世发挥了巨大作用的忍者集团，由于其潜在的威胁而遭到幕府的封杀。当是时，长野藩大旱连年，饿殍遍野，处于贫困破败的时刻。在之前的联络杳无音讯的情况下，长野藩的公主幸姬（森川葵 饰）只得亲自上路前往江户。公主一行经过某座大山，传言山中有某种可怕的妖怪，因此村民极力劝阻公主远离…