被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚结束…

宝可梦广场是为宝可梦而准备的游戏场所。皮卡丘、波克比、杰尼龟，还有一些大家熟悉的宝可梦们，都在那里快乐游玩。但，皮卡丘与杰尼龟等同伴因为小事跟别的宝可梦吵起来，吵醒了在睡觉的波克比，也引起了一场意外......