能够透视人梦境深处这种不可思议能力的高中生藤原梦路，有一天遇到了与从“幻界”徘徊到“现界”的少女——玛利！玛利究竟是什么人？幻界是什么地方？梦魔又是什么东西？还有，梦魔们到底是为了什么来到人间界？从梦中的世界来到现实世界的少女玛丽，与能够透视梦境的少年梦路，二人交汇之时，“梦”与“现实”即...

第二部的剧情是接再第一部之后发展的，升上小学四年级的一小麻烦魔女们在“最后一次”到魔女世界去的时候，从盛开的花朵中看见了诞生的魔法婴儿因为魔女世界里有一条规定：第一个看到魔法婴儿诞生的魔女就必须当她的母亲照顾她一年。 就因为这个缘故，小麻烦魔女们又回复了魔女见习生的身分，并接受女王陛下的托付，照顾魔法婴儿小花一年。如果…

影片的设定图也一同曝光。本片是为纪念《小魔女DoReMi》推出20周年而推出，由原动画版原班人马制作。