《游戏王5D’S》以游戏所在时代的数十年后的未来世界为舞台，地点在“童实野町”，讲的是18岁的主角不动游星集齐5龙卡的全新故事！在「5D''S」的时代，十分流行以骑乘型最新决斗盘进行的高速决斗！游星与使用决斗盘和卡片游戏组合的竞技之王杰克•阿特拉斯进行对决另外还有一旦战斗就会发挥出超能力...

在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子 配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由 配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司…