《gdgd妖精s》所讲述的是生活在妖精森林中的三个妖精，她们在一同悠闲地生活着，但是她们很喜欢对一些细小的东西做研讨。平常聚在一同聊天时总会想出一些好玩的事情了，而且这些事情还都能够在妖精森林中完成。

在海明星上住着的高中一年生加藤茉莉香，某天，她发现原本以为已经亡故的父亲，实际上到最近为止都一直活着，而且还是宇宙海盗船·弁天丸的船长弁天丸要进行海盗活动所必须的是继承了「私掠船准许」的直系亲族茉莉香，于是以她成为船长为条件，将亡父的遗物弁天丸一起交给了她。穿着迷你裙的女子高中生兼宇宙海盗船船长的生活就这样拉开了序幕。