蔷薇少女樱田纯，一名不愿上学而长期不出家门的中学生，热衷于上网购物，喜欢在购买物品后的退货限期内退回物品有一天，樱田纯收到一封自称是人工精灵崛江的来信，上面只写一个“上发条还是不上发条”的选项，在好奇心驱使下纯选择了“上发条”，之后房间就出现了一个没有署名的神秘皮箱，里面装着一个非常美丽而且质感近似真人的少女人偶，使用…

南春香（佐藤利奈配音）是一个外表出色个性优秀的完美学生。在学校里，性格开朗温和的她是许多人爱慕的对象，饱坂（小野大辅配音）就是其中的一员。学校里流传着许多和春香有关的传说，她更是以“第一代首领”的名号著称。在妹妹南夏奈（井上麻里奈配音）和南千秋（茅原实里配音）的眼中，春香是一个母亲般的存在。夏奈是个四肢发达的运动型少女…

被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口，前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！

本作的主人公将是水银灯故事发生在爱丽丝游戏开始之前，19世纪的欧洲刚刚被制造出来的水银灯个性温柔善良，甚至有些害羞然而为什么我们之前看到的她却是如此偏激愤怒呢？究竟为什么她会如此憎恨真红呢？真红曾说过：可怕的水银灯根本不是水银灯！那最初的水银灯又是怎样一个少女呢？

故事讲述主人公樱田纯在收到“上发条，还是不上发条”的问题时，选择了“不上发条”，没有和第五人偶真红相遇，平凡度过了中学并考入大学然而本不该存在蔷薇少女的这个平行世界，终于还是出现了真红的身影……

七个具有生命的人偶，七个美丽夺目的少女，她们已经超越人偶的存在，拥有不变的容颜，强大的力量但却没有一个是父亲心里最完美的爱丽丝。痛苦的罗真消身匿迹，留下的蔷薇少女们。为了见到父亲，为了得到父亲的爱，她们坚信只要将姐妹体内的蔷薇圣母聚集到一起，便可以进化成为爱丽丝。罗真制造的七个蔷薇少女的传说，最终演变成一场她们自相残杀…

时间从初中直接跳到了大学。虽然课还有去上，打工也有做，纯依然还是过着家里蹲般的生活。某日在打工的店收到退回来的一本教导如何制作人偶的神秘杂志，受到了冲击。回家之后发现有寄来的杂志的第2期和附赠的人偶零件，并得知只要能凑齐这些杂志附送的零件便可以组装得到第5人偶真红。

樱田纯是一名不愿上学而长期不出家门的中学生，热衷于上网购物，喜欢在购买物品后的退货限期内退回物品。有一天收到一封自称是人工精灵荷里耶的来信，上面只写着“上发条”、“不上发条”的选项，在好奇心的驱使下选择了“上发条”，之后房间就出现了一个没有署名的神秘皮箱，里面装着一个美丽而且质感近似真人的人偶少女。当纯使用木箱内的发条…

真红将水银灯打败后，又回到了普通生活。可是过了没多久，又出现新的人偶：自称第七人偶的蔷薇水晶。另一方面，随着金丝雀的来到，所有的蔷薇少女都到齐了，爱丽丝游戏也随之开启，究竟蔷薇少女们会如何面对自己的命运呢？

主人公日和见日郎，由姐姐的信指引着，来到了地图所示的一间屋子，却发现这是一间门上挂着钥匙、窗户被木板死死钉住的一间废屋没有办法的日郎只能回到山下的镇上，却在那里遇见了一辆载着小山高般财宝货物的车子。牵引着这辆车的是一位穿着女仆装的萝莉。在货物的顶上，座着一位长发、穿着连衣裙、神情冷峻的美...