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202X年，名为「兰道夫症候群（ランドルフ症候群）」的症状感染扩散至全世界，受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时，在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆（アサイラム）」。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源，人们纷纷前往深渊之中。
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文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的测验召唤系统，让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里，男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果，结果却被分到最差的班级F班！同时，考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作，优异的成绩作废，同样被分到F班明久为了改善瑞希的学习环境，只能尽用…
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全员拿起笔来！──笨蛋与美少女们的测验与召唤战争！文月学园是按照升学考试的成绩严格分班集中优等生的A班有着可调节后倾角度的斜靠椅和空调设备，成绩最差的F班只有破烂的矮饭桌和腐烂的榻榻米F班学生吉井明久为了暗自憧憬的活力少女姫路瑞希，以F班的代表坂本雄二为契机开始挑起战争那便是使用学园以科学和超自然能力为基础开发的试验召唤系…
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文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的测验召唤系统，让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里，男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果，结果却被分到最差的班级F班！同时，考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作，优异的成绩作废，同样被分到F班明久为了改善瑞希的学习环境，只能尽用…
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文月学园是按照升学考试的成绩严格分班集中优等生的A班有着可调节后倾角度的斜靠椅和空调设备，成绩最差的F班只有破烂的矮饭桌和腐烂的榻榻米F班学生吉井明久为了暗自憧憬的活力少女姫路瑞希，以F班的代表坂本雄二为契机开始挑起战争……
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就读穗群原学园的普通女生伊莉雅，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅此时已是红宝石之星持有人的她，也变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收职阶卡片
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激战过后，伊莉雅和同伴们来到了平行世界的冬木市。这里是美游诞生并成长的世界！为了守护重要的朋友和重要的事物，魔法少女们又将展开怎样的行动呢？魔法少女伊莉雅系列迎来最高潮！
