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从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被卷入战争。 -
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最强战士贝利奥斯因为渴望人工太阳火炬的力量而坠入黑暗，决心打败众多奥特战士，并成功夺走了人工太阳火炬。失去了火炬的奥特之星瞬间冻结，成功逃离的奥特曼战士就只剩下梦比优斯奥特曼、初代奥特曼和赛文奥特曼。
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已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。而原因却不明……不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是…
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最强战士贝利亚因为渴望力量偷取等离子火花塔而坠入黑暗，走上歧路的贝利亚发起了一场叛乱。最后还是奥特之王亲自出手才平定了这场叛乱，并将贝利亚打进宇宙监狱。多年以后，扎拉布星人拿着终极战斗仪在宇宙监狱救出了贝利亚。重获新生的贝利亚直接杀回光之国，以报当年被封印之仇。一场大战过后，贝利亚夺走了光之国的核心能源，最终导致奥特之…
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从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被卷入战争。
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雷等人在收到求救信号后立即前往救援，但却被吸进扭曲空间。在扭曲空间的一颗惑星上，出现了一头机械哥莫拉。原来是莎乐美星人正在进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。正当危急之际，赛罗奥特曼出现了。
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ZAPSPACY收到了求救信号，雷等人迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空间在扭曲空间的一颗惑星上，雷他们遇见了其他次元的自己，并且出现了一头机械哥莫拉原来在这个星球上，莎乐美星人正在进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起雷召唤哥莫拉迎战机械哥莫拉不敌，正当危急之际，赛罗奥特曼出现营救。而为了计划的继续进行，莎乐美星人启动…