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故事围绕着手镯与羁绊而展开,主要讲述了主人公无(ナイ)靠一个遗留下的手镯去寻找其主人嘉禄,在旅途中被叫Mine的女人抓到了房屋中在那里无得知了自己手上的手镯是国家防卫机关“轮”的识别证。后来无被进入房屋盗窃的花砾所救,之后两人便踏上了旅途。
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突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗…